凈化手術室在運行的過程中是會有很多的問題需要解決和處理,那么這是我們需要知道的,其實現實往往都是相反的, 凈化手術室工作只不過是剛剛的開始,在完成之后還是有很多的問題需要我們進行處理的。無菌手術室裝修采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。
凈化手術室空調凈化需關注節能空調凈化是能耗大戶， 凈化手術室設計與施工中需關注節能措施（指針對問題的解決辦法)。無菌手術室凈化一般多采用垂直層流式效果較好　層流手術室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。在設計中，系統及區域的劃分，送風量(定義:單位時間內空氣的流通量)計算，溫度（temperature)與相對溫度（temperature)的確定，潔凈級別與換氣次數的確定，新風比，風管保溫，風管制作中的咬口形式對漏風率的影響，干管支管連接角度（angle)對氣流阻力的影響，又叫法蘭凸緣盤或突緣連接是否漏風等以及空調箱、風機(Draught Fan)、冷水機組等設備選擇無一不與能耗有關，所以，這些細節必須要考慮（consider)到。風管要求經濟與效率(efficiency)并在集中或凈化空調系統中，對風管的要求是既經濟又能有效地送風。前者要求體現在價格低廉，方便施工，運行成本，內表面光滑阻力小。后者是指嚴密性好，不漏氣，不發塵，不積塵，不污染，可耐火、耐腐蝕(釋義:指腐爛、消失、侵蝕等)、耐潮濕。
凈化手術室在運行中，有時候管件的局部（part)阻力大大高于風管的沿程阻力，這種狀況需要改善。無菌手術室凈化同級別的層流手術室其空氣潔凈度標準不同，例如國內標準I級層流手術室的標準為潔凈度5級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤100顆或每升空氣中≤3.5 顆。II級層流手術室的標準為潔凈度6級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。管件主要有彎頭、變徑管三通及四通管。彎管的中心曲率半徑應大于矩形風管的邊長，圓形則采用1.25倍直徑。大斷面風管應在管內加導流片，以減少阻力。而在實際安裝施工中，較少如此處理。對于變徑管，不可突然變徑，宜作成漸擴（縮）管，漸擴管每邊擴展角應大于15°，漸縮管則每邊收縮角不大于30°。矩形風管的三通要順氣流彎管彎曲（Bend)分流，支管也應有一定的曲率半徑。若要90°角分流，則應在彎頭內加導流片。
依據氣候條件選空調關于空調箱的選擇，應考慮（consider)所處的氣候環境。如在冬季氣溫低、空氣含塵量大的北方地區，則應在通用的空調機組上增設新風預熱段， 凈化手術室采用淋水式空氣處理方式，使其既對空氣洗塵又使其產生熱溫交換達到所要求的溫、濕度。而在氣候濕潤，空氣含塵濃度較低的南方地區，則冬季也無需對新風預熱，對空氣的過濾及溫、濕度的調節則采用初效過濾，表冷面調節溫濕度，也可加強溫減濕工序，再經中效過濾和終端（Terminal)高效或亞高效過濾。空調箱配套風機(Draught Fan)采用變頻（frequency conversion)風機，這不僅節能，還可靈活調節風量(定義:單位時間內空氣的流通量)風壓(wind pressure)。